一是目标导向不同。“3+1+2”模式体现了物理、历史学科的基础性作用，突出了普通高等学校不同学科专业选才的要求，更加注重学生的全面发展。

二是选择科目组合不同。“3+1+2”模式下，学生可根据个人的兴趣特长、拟报考学校的专业招生要求和普通高中学校的办学条件，在12种组合中自主选择。例如，考生可以同时选择物理、思想政治和地理，或同时选择历史、化学和生物学，拓宽了考生的选择面；而传统文理分科仅有2种固定的组合供考生选择，即文科考生只能选择思想政治、历史、地理1种固定组合，理科考生只能选物理、化学、生物学1种固定组合。

三是考试内容和难度不同。“3+1+2”模式中，学生参加全国统考的语文、数学、外语3门科目考试是不分文理的，所有考生的考试试卷完全一致，难度一样。而传统文理分科的数学考试，在试卷内容和难度上是有所区分的。